Administrarea şi monitorizarea activităţii agenţilor economici din  zonele defavorizate a avut ca bază legală Ordonanţa de Urgenţă nr.24/1998 privind regimul zonelor defavorizate. Această activitate a fost o prioritate a Agenţiei şi a constat în  sprijinirea agenţilor economici care au obţinut certificat de investitor,  în scopul creşterii   volumului   investiţiilor cât şi a numărului de locuri de muncă nou create,  în contextul respectării obligaţiilor stabilite prin actele normative specifice zonelor defavorizate.

Zonele defavorizate din regiunea Sud Muntenia au fost stabilite în judeţele Prahova şi Teleorman, astfel:

- în judeţul Prahova: Ceptura - HG nr.206/1999 , Filipeşti - HG nr.205/1999, pentru 10 ani şi Mizil - HG nr.986/2001, pentru 3 ani;

- în judeţul Teleorman : Zimnicea - HG nr.1280/2000, pentru 10 ani.

În intervalul de timp 2000-2002, pentru un numar total de 177 agenţi economici au fost eliberate Certificate de Investitor. Activitatea acestora a fost monitorizată pe toată durata de funcţionare în zona defavorizată .

În primii patru ani, mai precis până în septembrie 2003 , investiţiile au avut un trend ascendent, perioadă în care au fost create un număr de aproximativ 4500 locuri de muncă.

Negocierea Capitolului 6 privind concurenţa şi ajutorul de stat, armonizarea politicilor de stat cu politica UE a condus la diminuarea şi ulterior eliminarea ajutoarelor de stat pentru investitorii din zonele defavorizate.